yatsutaの日記

2008-11-26

USBメモリ起動その4

| 10:17

KNOB4.0のUSBメモリ起動に成功しました!

手順は結局のところ非常に単純で

  1. KNOB4.0を通常通りDVDから起動
  2. パネルのペンギンアイコンからRoot Shellを選択
  3. # cd /usr/sbin
  4. # mkbootdev
  5. 真ん中の選択肢を選択(B:Create system on USB storage using a FAT32 partition)

あとは自動的に処理が進みます。

KNOB4.0はKNOPPIX5.1.1ベースなので、ネットから5.1.1に関するmkbootdevの情報を集めて、それをもとに少々の試行錯誤で自分の環境ではうまくいきました。ただ、ネット上の5.1.1 & mkbootdevの情報は錯綜していて、どんな環境でも上記のやり方でうまくいくわけではないようです。

rootでの作業が必須かどうかは確認していませんが、多くのサイトでRoot Shellを使用しているのでそれらにしたがいました。通常ユーザでも/usr/sbinにパスは通っていますし、5.3.1のmkbootdevは通常ユーザでOKだったのですが。

/usr/sbinに移動することが必須かどうかも確認していません。上記の通り/usr/sbinにパスは通っていますが、ひょっとしたらmkbootdevスクリプト内部でカレントディレクトリからの相対パスが使用されているのかも。

KNOPPIX5.3.1同様、滅茶苦茶に快適です。設定をきちんとすれば常用環境として使用できそうです。

追記:

贅沢といえば贅沢なのですが、mkbootdevで作成したブータブルなUSBメモリはcloopシステムをそのまま踏襲しているので、書き込み権限等、パフォーマンス以外にも少々不満に感じる点が出てきてしまいます。やはりsyslinuxを勉強して、通常のファイルシステムベースのブータブルなUSBメモリの作成にチャレンジしたいと思います。

2008-11-25

USBメモリ起動その3

| 23:48

USBメモリ RUF-C8GS-BL/U2、ノートPC CF-W5、OS KNOPPIX5.3.1の組み合わせでmkbootdevを使用しました。結果は成功で、非常に快適です。

cloopシステムに起因するソフトウェア起動時のモッサリ感は多少残りますが、一度立ち上がってしまえばデフォルトOSとまったく遜色ありません。FireFoxなんてデフォルトOS(Vista)より速いくらいです。DVD-ROMドライブから発するキュンキュン音からも解放され、ストレスが非常に軽減されました。

KNOBにもこの恩恵を!ということで明日はKNOB+mkbootdevにチャレンジしてみます。残念ながらネット上の情報を見た感触では、KNOPPIX5.1.1とmkbootdevの組み合わせは少々難しいようです。mkbootdevが使用できないようであれば本腰を入れてsyslinuxの勉強です。

2008-10-14

USBメモリ起動その2

| 14:25

RUF-C8GS-BL/U2を使用して再度チャレンジしてみましたが、やはり

Invalid or damaged Bootable partition

で止まってしまいます。

参考にしたページの情報はKnoppix 5.3.1日本語版ベースだったのですが、KNOBのベースは

KNX5.1.1J_AC Tue Jan 23 11:43:10 JST 2007

ということで、5.1.1と5.3.1の違いが関係しているのかなと思い、一歩退いてKNOPPIX5.3.1Jを落としてきてUSBブートを試してみました。

やはり

Invalid or damaged Bootable partition

で止まります。orz

2008-10-01

USBメモリ起動その1

| 15:06

■Linux■ 成功です! 「Knoppix 3.5.1」をUSBフラッシュメモリで起動する方法 - 「現役エンジニアの気になる情報」が非常によくまとまっています。Knoppix 5.3.1 日本語版用ですが、KNOBにも適用できそうです。

USBメモリとしてBUFFALOのRUF2-E8GLを購入しました。これを使って上のページ通りの手順に作業を行い、いよいよ起動!というところで

Invalid or damaged Bootable partition

とのメッセージを残してストップしてしまいました。

RUF2-E8GLが、上のページにも書いてある

まず、USBフラッシュメモリだが、BIOS上から起動できるものと、

できないものがあると言う事を知っておこう。

起動できないタイプ(ブートアップに対応していない)のUSBメモリなのかもしれません。ググったら残念なことにビンゴ!orz

ノートPC(CF-W5)がUSBブート対応だったのに安心して、メモリの方まで気が回りませんでした。

上のページで動作確認されているRUF-C8GS-BL/U2をゲットして再チャレンジします。

参考ページをあと2件:

no title

まいどさん 今日の御用は?

2008-09-26

本書の特徴

| 13:25

表紙の折り返し部分に「本書の特徴」が記載されています。以下引用:

(1).本書とコンピュータがあれば、一歩進んだバイオインフォマティクスを一人で学ぶことができます。

(2).塩基・核酸配列ゲノム、マイクロアレイ、遺伝子ネットワーク、リガンドの各解析が体験できます。

(3).全編が生物学的なストーリーに沿って構成されており、研究方針や問題解決方法を体得できます。

(4).肥満糖尿病にかかわる核内受容体PPARーγと関連遺伝子に焦点をあてて、実践的かつ具体的な操作手順を説明します。

(5).薬剤や環境ホルモンの解析に威力を発揮するケモインフォマティクスにも精通するようになります。

(6).DVDから再起動するだけでLinux環境KNOBが利用でき、面倒なセットアップやインストールはいっさい不要です。

(7).KNOBには、研究に必要な解析ソフトに加え、本書で使用するプログラムやサンプルデータが収められています。

(8).KNOB終了後は完全に元のPC環境に戻るため、大学や企業の講習会など原状復帰を要求される場面でも重宝します。

(9).KNOBの中身は全てフリーソフトですから、公的な機関はもとより、製薬会社など一般企業でも使用できます。

(10).UNIX(Linux)の操作方法やコマンド、プログラミングを付録でやさしく解説しました。

(11).UNIXオープンバイオのツールを使いこなせるようになれば、今後の研究にとても有用です。

(12).簡単なプログラミングを身につけることで、自分の目的にカスタマイズした解析を行うことができます。

(13).本書は、ツール開発者本人たちによって書かれたオリジナル本です。

ほとんどレビューの書きようがないくらいキレイにまとめられています。以下、順不同で特に気になる項目にコメントします。

(2),(3),(4),(10),(11),(12)などから、この本の著者達は想定読者として、「バイオインフォマティクスを進路の選択肢のひとつに考えている学生」「自分の研究にバイオインフォマティクスを採り入れたいウェット(実験系)研究者」 などをメインに考えられているようです。「バイオ関連データの解析環境、データベースなどを構築するIT技術者」にももちろんこの本は有用です。分子生物学や実験手法に関する知識が必要な場合は、別途参考書やウェット研究者に質問できる環境などを準備されるとよいと思います。

KNOBについて(6),(7),(8),(9)で触れられています。(6)かつては一番最初のステップであるOSソフトウェアインストール、セットアップが最大の障壁でした*1。山脈を縦断するのに、最初の山が最高峰だったのです。KNOBはこの状況を一挙に解決してくれました*2

現在(200809)では、多くのオープンソースのバイオ関連ソフトウェアが各種PC UNIX(各種LinuxディストリビューションBSDOSなど)のパッケージとして利用できるようになり、インストール作業は格段に楽になりました。しかし、デフォルトの設定がまだまだ物足りず、自分で設定をいろいろカスタマイズする必要もたびたびありました。KNOBにおける各種設定は、カスタマイズがほぼ不要なほどよく練られています。他の環境でこれらのソフトをお使いの方も、KNOBの設定を参考にされることをお勧めします。驚くほど使いやすくなるでしょう。

(8)DVDから起動することで既存のハードディスクを書き換えることなく元の状態に戻せることは、講習会などにおける使用には大きなメリットです。その一方、この方式は新しいコマンドの入力のたびにDVDドライブが稼動します。id:yatsutaはこの本に沿って一通り入力してみましたが、ドライブの回転音にかなりのストレスを感じました。逆に言えば、この問題さえ解決すれば日常の使用に全く支障を感じないので(むしろ設定などに関してはメリットが大きいので)、USBメモリネットワークなどからの起動をサポートすれば、KNOBの使用者の数は大きく上昇するのではないでしょうか。

(9)バイオ関連の企業は合従連衡が激しく、Aソフトを開発していたB社がC社に買収されてAソフトが市場から撤退&サポート打ち切り、なんて例がザラにあります。苦汁をなめさせられた方も多いのでは? フリーソフトを使用すれば、この問題はかなり軽減されます。開発者のモチベーション消失、経済的環境の変化などによる開発停止、サポート打ち切りの可能性はないわけではありませんが、市販ソフトにおける前記の可能性と比較すれば非常にまれな話だと思います。たとえば、一時期EMBOSSに開発中止の可能性がありましたが、ご存知の通り現在でも活発な開発が続けられています。メジャーなオープンソースバイオソフトで開発中止になった例をid:yatsutaは知りません。

(11)(12)は個人的に大変重要な項目だと思います。ウェット系の研究者の方々から、データの洪水に苦しめられているが、解析を外注に出す予算はなく、自分で解析するには敷居が高い、といった話はよく伺います。前者の予算の問題は如何ともしがたい点はありますが、後者の問題はモチベーションをお持ちであれば、このすばらしいテキストが手に入る今がチャンスです。自習はもちろんのこと、執筆者自ら講習会を行ってくれるそうなので*3、ご興味のある方は是非参加してみてください。。簡単なプログラミングを身につけることで、研究の幅*4が驚くほど広がると思います。

*1bioperlをソースからインストールしたことのある方に、当時の思い出話を伺ってみてください

*2:特にEMBOSSが設定済で、すぐにネットワークからデータを取得できることは、id:yatsutaにとって非常な(驚き|喜び)でした

*3http://itoshi.tv/d/?date=20080325#p01

*4:というか、思考方法の幅